南方科技大學籌建，參照的目標是一河之隔的香港科技大學：一所只有十幾年歷史的大學，已經躋身于世界知名大學百強。除了充足的資金支持以外，這所學校崛起的重要原因，就是其國際化的辦學理念和先進的管理方式。朱清時告訴記者：“南方科大的目標定位就是要回答‘錢學森之問’——為什么我們的學校總是培養不出杰出人才？作為國家高等教育綜合改革的試驗校，南方科大將按照小規模、高水平的發展宗旨，通過充分借鑒世界一流大學的辦學模式，創新辦學體制機制，力爭在一個不長的時期內建設成為一個高質量的研究型大學。”
為什么我們的學校總是培養不出杰出人才？朱清時說：“其實大家心中都明白，中國的大學在過去幾十年當中都辦成了一個模式，都是行政主導，而不是學術主導。所以，南方科大要做的事情就是按照《國家中長期教育改革和發展規劃綱要（２０１０—２０２０）》的要求，在教育部的指導下，把它建成一所純粹的回歸大學本來面目的學校，那就是要學術主導而不是行政主導，由‘教授治校’而不是行政官員治校。”一句話，南方科大將以一系列的招生改革、院系設置、教研模式，打造一個精英化的科研型大學。
主張“學術主導、教授治校”，南方科大的辦學理念就是“去行政化”。朱清時認為，要保證南方科大的繼任者能夠保持創校之初的理念，全力創建世界一流大學，關鍵是要依法治校而不是依人治校，不是誰的官大誰說了算。他說，自己這三年將努力推動學校建立健全規章制度，通過學校層面制定《南方科技大學章程》，深圳市政府制定《南方科技大學管理暫行辦法》，深圳市人大制定《南方科技大學條例》等一系列措施，讓南方科大在法律框架下，依法自主辦學。
