超生人口必須登記
此次人口普查與第五次人口普查相隔十年，這期間經濟社會都發生了巨大變化。查實流動人口、人戶分離人口、超生人口是這次普查的三大難點。
“首先，超生的人口必須要登記，”省人普辦主任、省統計局副局長夏心旻說，登記上來的信息將不作為征收社會撫養費的依據。他進一步解釋說，如果有些超生戶要給超生人口上戶口，那么，根據省人普辦和省計生部門達成的共識，計生部門將按最低標準征收社會撫養費。困難家庭還可以分期繳納。
人戶分離也是一個普遍現象。南京市統計局農村處副處長韓后盾估計，南京市“人在戶不在”或者“戶在人不在”的比例超過四成。
玄武區梅園新村大行宮社區普查員虞萍萍昨天一開始登記就遇到了典型的人戶分離家庭。這戶居民家中戶口本上有8人，但目前只有5人在家居住。“除填寫姓名、出生年月等基本信息外，還需要填寫不在家居住的人離開戶口登記地的時間、離開原因等”。
這次人口普查采取居住地登記原則，通俗講就是“逢人就查，見人就登”。所以，人戶分離的情況，在戶籍所在地會被登記為“戶在人不在”，而在居住地則登記為“人在戶不在”。如此登記，會不會重復？韓后盾表示，就算被登記兩次，信息在錄入之后，電腦系統會進行消重處理。所以，這次登記“不怕重，就怕漏”。
至于流動人口，10月31日凌晨，全省開展了“零點行動”，已對居無定所的流動人口進行了清查登記。
普查數據服務“十二五”民生項目
配合調查是公民的法定義務，相應地，個人信息不被用于人口普查以外的用途，也是公民的法定權利。夏心旻表示，人口普查取得的數據主要是作為一市一縣的總體數據加以運用，并不作為個體使用。所以，居民不必擔心個人信息的泄漏問題。“普查員如果泄漏信息，將被追究法律責任。”
這次人口普查表格中，多處涉及居民的住房信息，不少市民疑惑，為什么要填寫如此詳盡的住房信息呢？難道是為日后征收房產稅“做鋪墊”？對此，韓后盾解釋，市民不用擔心，人口普查中涉及到的住房情況，只作為國家制定相關住房政策的參考，與當下討論較多的房產稅征收沒有關系。