民族矛盾和階級矛盾交織，使國家政局空前復雜。黨從抗戰的全局出發，明確指出:整個抗戰時期，民族矛盾始終是第一位的，各階級的利益必須服從全民族的利益。針對國內時局的逆轉趨勢，黨鮮明地提出堅持抗戰到底反對中途妥協、鞏固國內團結反對內部分裂、力求全國進步反對向后倒退三大口號，堅決揭露打擊賣國漢奸汪精衛，繼續爭取同蔣介石集團合作，鞏固并擴大抗日民族統一戰線，駕馭了整個局勢的發展。
在日軍將敵后抗日根據地作為軍事進攻主要對象的情況下，黨領導人民抗日力量肩負起抗擊日軍的主要責任。根據黨中央的戰略決策，八路軍于1938年冬開始由山區向平原地區挺進，放手發動群眾，廣泛深入地發展群眾性游擊戰爭，不斷消滅敵人的有生力量，鞏固和擴大了晉察冀、晉冀豫、冀魯豫、晉西北、山東等抗日根據地。在晉察冀軍民反“掃蕩”作戰中，1939年11月，偉大的共產主義戰士、加拿大共產黨員諾爾曼·白求恩大夫在搶救八路軍傷員時不幸感染中毒，為中國人民的解放事業獻出了生命。
1940年8月，為了粉碎敵人對華北抗日根據地的“掃蕩”和“囚籠”政策，八路軍總部對華北日軍發動了一次大規模的以破襲敵人交通線為重要目標的進攻戰役。參戰部隊有105個團約20萬人，故稱百團大戰。這次戰役共作戰1824次，斃傷日、偽軍2.5萬余人，俘1.8萬余人，破壞鐵路470余公里、公路1500余公里，摧毀大量敵碉堡和據點，繳獲大批槍炮和軍用物資，因而沉重地打擊敵軍，激發了全國人民的抗戰熱情，進一步提高了共產黨和八路軍的威望。
與此同時，新四軍各部貫徹黨中央“發展華中”的戰略方針，利用山地、平原和河湖港汊等復雜地形開展游擊戰，建立了皖東、豫皖蘇、皖東北、豫鄂、蘇北等抗日根據地，堅持和擴大蘇南、皖中等根據地，溝通了華北與華中抗日根據地的聯系。在華南，黨領導的抗日武裝創建和發展東江、瓊崖等抗日游擊根據地，開展廣泛的抗日游擊戰爭。日本侵略者陷入人民戰爭的汪洋大海之中。
到1940年底，黨領導的軍隊由抗戰開始時的5萬余人發展到50萬人，還有大量地方武裝和民兵?？谷崭鶕匕l展到跨華北、華中、華南的廣大地區，加上陜甘寧邊區共17塊近1億人口。黨領導的敵后抗戰，大量牽制、消滅日軍，在全民族抗戰中發揮著日益重要的作用，逐步成為中國抗戰的重心。
在淪陷區城市和交通要道，黨的地下組織實行隱蔽精干、長期埋伏、積蓄力量、以待時機的方針，徹底轉變工作方式，深入群眾，以隱蔽的方式開展抗日宣傳教育和統一戰線工作，領導人民進行多種形式的抗日斗爭，牽制敵人的兵力，打擊日偽統治，支持和配合了敵后游擊戰爭和抗日根據地的建立與鞏固。
黨在國民黨統治區的工作也取得新的進展。1939年1月，中共中央南方局在重慶成立。在周恩來、董必武等人領導下，南方局在統一戰線、黨的建設、宣傳文化、群眾工作等方面進行了艱苦而卓有成效的工作。南方局特別重視爭取和團結中間勢力，同民主黨派、無黨派人士、國民黨民主派、地方實力派、著名知識分子等廣泛接觸，共商國是，使他們了解共產黨的主張，并逐步取得他們的信任，鞏固擴大了抗日民族統一戰線，推動了國民黨統治區抗日民主運動的發展。在周恩來和南方局的支持下，1941年3月，中國民主政團同盟(1944年9月改組為中國民主同盟，簡稱民盟)在重慶成立，成為中國民主運動的一支生力軍。南方局在開展國際統一戰線工作方面同樣取得很大成績，爭取了國際社會對中國團結抗戰的同情和支持，擴大了黨的影響。
黨在西北國民黨統治區的地方組織，領導和推動抗日救亡的群眾運動，開展廣泛的統一戰線工作，利用西北特殊的地理條件溝通黨和國際友人、海外僑胞的關系及與共產國際的聯系，支持和配合了陜甘寧邊區建設和全國抗戰。
黨堅持團結反對分裂、堅持進步反對倒退，同國民黨頑固派的反共活動進行了堅決斗爭。1939年冬至1940年春，國民黨頑固派掀起第一次反共高潮，黨給予堅決回擊。1941年初，國民黨頑固派制造震驚中外的皖南事變。新四軍軍部及所屬部隊9000余人，在向北轉移途中遭到國民黨軍8萬余人圍攻，除約2000余人突圍外，一部被打散，大部壯烈犧牲或被捕，軍長葉挺在同國民黨軍進行戰場談判時被扣押，副軍長項英遇害。事變發生后，蔣介石竟誣稱新四軍“叛變”，宣布取消其番號。
面對國民黨頑固派掀起的又一次反共高潮，共產黨采取軍事上嚴守自衛、政治上堅決反擊的方針。中共中央軍委宣布重建新四軍軍部，任命陳毅為代軍長，劉少奇為政治委員。毛澤東揭露國民黨頑固派破壞抗戰的陰謀，提出懲辦禍首、釋放葉挺、廢除國民黨一黨專政、實行民主政治等十二條解決辦法。周恩來在重慶向國民黨當局提出嚴重抗議，并親筆題詞“為江南死國難者志哀”和“千古奇冤，江南一葉；同室操戈，相煎何急?!”這兩條充滿悲憤的題詞在《新華日報》登出，有力地揭露和聲討了國民黨頑固派的反動行徑。
全國人民及國際輿論普遍同情共產黨，譴責國民黨當局消滅異己、破壞抗戰。國民黨頑固派陷于極端孤立的境地，其反共活動不得不有所收斂。黨以大局為重的正確措置，使極度危急的國內時局得以扭轉，黨在全國的政治地位空前提高。
黨深刻地總結同國民黨頑固派斗爭的經驗，豐富和發展了統一戰線的策略。這主要是:在抗日民族統一戰線中要采取“發展進步勢力，爭取中間勢力，孤立頑固勢力”的總方針，在反對國民黨頑固派的斗爭中要堅持“人不犯我，我不犯人，人若犯我，我必犯人”的自衛立場和“有理、有利、有節”的原則。這些策略原則使黨得以在復雜多變的環境里更加熟練而恰當地處理統一戰線中的各種棘手問題，避免犯“左”、右傾錯誤。
在此期間，針對國民黨大肆鼓吹“共產主義不適合中國國情”等反共謬論，黨在政治思想戰線上同國民黨展開論戰，批判和揭露各種假三民主義，著重闡述三民主義與共產主義的關系，說明共產主義的最低綱領和新三民主義基本相同，但兩者又有區別，共產黨將同一切真誠的三民主義者長期合作。這場論戰對新民主主義理論體系的形成起了推動作用。
為了駁斥國民黨頑固派的反共宣傳，向全黨和全國人民闡明共產黨對于中國革命及其前途的全部見解，回答中國向何處去這個關系重大的問題，更好地指導抗戰和中國革命，毛澤東進行了大量的理論研究工作。他系統總結中國革命的獨創性經驗，于1939年底1940年初先后發表《<共產黨人>發刊詞》、《中國革命和中國共產黨》、《新民主主義論》等著作，完整地闡述了新民主主義理論。