然而，質疑之聲紛至沓來。解放軍301醫院營養科微量元素研究室研究員鮑善芬在媒體上發文稱，“鐵強化醬油”中使用的鐵強化劑 “NaFeEDTA”是一種很強的絡合劑，可以在體內絡合二價金屬離子，如鈣、鋅、銅等，因此會干擾這些礦物質和微量元素的吸收。她還擔心，這種沒有嚴密監管的推廣，很可能因鐵元素攝入過多而慢性中毒，對兒童而言風險尤大。
食物強化辦公室立即發表聲明稱，鐵強化醬油有著充分的科學證據，鮑善芬的懷疑沒有道理。可是，這些回應反而引發了更多的質疑，有人甚至指出，鐵強化醬油影響兒童的生長發育，食用者的身高較平常矮小。北京大學醫學部免疫學系副主任王月丹還提出，“使用加鐵醬油，每天僅從這種醬油中攝入的鐵就可以達到3至4毫克，超出人體所需鐵量數倍，且人體生理狀態下，每日僅能從腎臟排泄1.5毫克的鐵，而剩余鐵是否可能在體內沉積，導致長期慢性的影響，還有待于觀察。”
陳春明引用世界頂尖的微量元素專家理查德·赫雷爾的研究稱，“NaFeEDTA”作為食物的鐵營養強化劑的用量，對鈣、鋅、銅的吸收沒有影響，與其他鐵營養強化劑的作用并無區別，不會導致人體上述營養素的缺乏。聯合國糧農組織、世界衛生組織聯合食品添加劑專家委員會2007年的報告也明確指出，“NaFeEDTA”不影響體內鋅的吸收。
至于說到體內沉積，陳春明說，從鐵醬油中攝入2~4毫克的鐵是事實，但是“NaFeEDTA”在中國膳食條件下的吸收率是10%，即吸收進去的鐵只有0.2～0.4毫克。而成年男子每天生理上的鐵丟失平均為1毫克，育齡婦女的為1.5毫克，吃鐵醬油也只補充了1/6~1/4，根本談不上鐵攝入過量及發生沉積。
中華醫學會公共衛生分會主任委員曾光告訴記者，歐美國家也在食物中加鐵，只是沒有加在醬油中，而是加在面粉里，只要劑量控制得好，安全性是有保障的。
