生乳標準不等于乳制品標準
“許多人混淆了原料標準和產品標準兩個概念。”西部乳業發展協作會秘書長、西安市乳業協會秘書長王偉民表示：“新國標是由70多個專家經過充分調研、慎重考慮、嚴密論證而最終制定出的，是規范乳制品行業發展、保護消費者食品安全和維護數百萬奶農利益均衡協調的產物。”
“目前的新國標之爭更多地源于公眾因誤解而產生的恐慌。”科普作家方舟子認為，不應夸大巴氏奶和常溫奶的區別而妖魔化常溫奶，也不能因為生乳標準的下降就危言聳聽，誤導和嚇唬消費者，“讓多少人以為那200萬細菌是要活活喝下去呢！”
“生乳作為原料乳，消費者不會直接飲用，生產企業使用其生產產品時要經過殺菌等工藝，達到乳制品產品國家標準規定后方可上市銷售。”孟瑾表示。
內蒙古奶業協會理事、內蒙古大學生命科學院生物系教授薛孝先指出：“細菌總數所對應的是生乳，并不是消費者購買的乳制品成品。國內乳制品在生產過程中，原奶都是經過超高溫滅菌，不存在原奶直接入口的問題，最終制成的奶制品也完全符合食品安全標準。”
薛孝先也認為，無須擔心蛋白質含量下降會影響到牛奶的營養價值，喝牛奶不是為了補充蛋白質，而主要是為了補充B族維生素和鈣等無機質。
方舟子表示，蛋白質是一種必需營養素，我們每天都必需補充它。一個體重60公斤的人一天需要的優質蛋白質為48克，人們可以從食物中獲得，一個雞蛋就含有大約6克優質蛋白質。與此相比，牛奶少掉的那0.15%的蛋白質是可以忽略的。
許多企業已執行更高標準
對于王丁棉抨擊新國標全球最差的言論，一位乳業內部人士表示十分不解：“日本的國家標準是生乳中的菌落總數低于400萬個/毫升，菲律賓沒有國家標準。而且日本國家標準雖然是菌落總數低于400萬個/毫升，但企業的標準都很嚴格，收奶時的標準是1萬個/毫升左右。”
“國標是一回事，我們企業自己怎么做是另外一回事。”記者在采訪時發現，許多企業表示其實對新國標并不在乎，新國標制定的只是行業“最低標準”，是一個奶源收購合格的“入門門檻”，企業都有自己的嚴格標準，甚至比發達國家乳品企業的還嚴格。
據資料顯示，三元綠荷奶牛養殖中心2007年牛奶總細菌數就已經控制在10萬個/毫升以下，福建長富2010年全年奶源細菌數的平均數僅為7.95萬個/毫升，這遠高于200萬個/毫升的國家標準。上海奶業協會副秘書長曹明是表示，如今上海地區生乳平均細菌數為每毫升5.6萬個，不少地區乳企執行的標準甚至都不遜色于海外乳業標準。
東方艾格農業咨詢公司乳業資深專家陳蓮芳介紹，乳企在收購奶源時大多會分等級采購，不同的蛋白質含量和衛生指標，按不同價格收購；收購回來后，也按所生產產品需求來分配，比如若是按新國標收來的奶源，只能做常溫奶、冷飲等產品，而蛋白質高、細菌總數低的優質奶源則用之做高端奶如酸奶、奶酪等。