“當時是為了統一各高校的留京要求，實現留京指標的普遍平等。”北京市教委的一位退休老干部告訴記者，“不過，‘統一’收到了反效果。”
“少數名牌高校留京指標過剩，而眾多的普通高校則會因為不多的幾個留京指標爭得‘頭破血流’。”而且在這一年，“對英語盲目崇拜”和“學生官僚主義”的說法甚囂塵上。
“爭議最多的就是‘省部級榮譽稱號的畢業生’能否不受專業限制留京的問題，這是否會導致大學生崇拜權力，崇拜官職？”上述北京市教委工作人員回憶說，“當時還引發了一些‘校園腐敗’和‘暗箱操作’的事件，影響很不好。”
2003年6月，北京某著名高校被媒體曝光，稱“要價1萬元賣留京指標”。隨后，關于留京指標的非法買賣事件屢屢被曝光，引發了社會各界的大討論。
除此之外，留京指標與進京指標“不對口”還產生了很多資源浪費的現象。
進京指標是指由北京市的用人單位向北京市人事局申請的招聘非京籍生源應屆畢業生的用人指標。“進京指標是由用人單位提供的，是與聘用關系掛鉤的，單位在招聘人才時要求就比較多樣了，肯定不是按照成績和榮譽了。”該工作人員介紹說，當時有一些學生有留京指標卻拿不到進京指標，又有另一批學生有進京指標卻沒有留京指標。“導致大量指標‘不對口’、‘不掛鉤’，浪費了資源。”
2006年，小西所在的學校按照各班非京籍生源人數的15%分配留京指標，算下來，小西他們班是33個人中選5人。“我是第五名，但是第六名的班干‘優先’了。”小西至今仍難以釋懷，“北京生源的學生根本不用競爭，太不公平了。”
為了繼續“北京人”的夢想，2008年，小西選擇了考研，“研究生是不用留京指標的。”
可也是在這一年，面對越來越多的“不公”爭議，也面對“留京指標”逐漸多于“進京指標”，從而失去了現實效力的窘境，北京市教委決定逐漸放開 “第一道關卡”，削弱學校的權限，突出“就業導向”。
“直到最近幾年，北京所有高校的學生都能拿到留京指標，這體現了公平原則。”北京市教委人士認為，留京指標已經失去了“指標”的含義。“算是一個手續吧，僅此而已。”