收費
從2006年開始，淘寶的運營部門開始篩選一些優質賣家，做一些針對活動，比如單款打七折包郵，或者搭配其他商品減價等。這也是淘寶開始嘗試將流量轉換成交易額的開始。當年，淘寶推出“招財進寶”，這個產品讓賣家通過付費，獲得更靠前的搜索結果排名，而賣家則根據成交額跟淘寶協議支付費用，但推出沒幾天，就遭到4600名賣家罷市反對，最終只有取消。
“招財進寶”的設計，不難看出其中“中國供應商”的影子，都是用流量來換取收益的產品思路，只是前者被沒有多少財力的賣家認為不公平，導致淘寶第一次盈利探索以失敗告終。其后淘寶小心翼翼推出“淘寶直通車”、旺鋪等廣告和增值服務收費。
何超說這時期淘寶進入了“鐵器時代”，營銷工具開始豐富起來，一些剛畢業的大學生紛紛選擇到淘寶創業，到2007年、2008年，淘寶銷售額狂飆突進，到淘寶購物一度成為城市小白領和大學生們的生活方式。
此時的淘寶在C2C領域成為王者，但外面卻興起了B2C熱潮，當當、京東、紅孩子、凡客誠品一個接一個吸引人們眼球，很多人買書會選擇去當當、買家電到京東、買襯衫到凡客，而這些網站如今都發展成為綜合商城，有的還已上市，在美國，B2C的標桿企業亞馬遜市值也早已壓過C2C的標桿企業eBay。
于是，2007年B2C的淘寶商城開始出現在淘寶頁面上，2008年4月，淘寶成立商城事業部，由淘寶前副總裁黃若帶隊，淘寶商城首次“獨立”，4個月后，商城事業部解散，商城再次并入淘寶；到2009年8月，商城事業部恢復，由淘寶CFO張勇兼任商城總經理，再次嘗試獨立運營。
這一次到2010年11月1日，淘寶商城啟用新域名，成為獨立站點。如今淘寶分拆后，張勇成為新公司總裁。